Описание
Прошло шесть лет с июля 1998 года… Леон теперь состоит в секретной службе США, которая подчиняется непосредственно президенту. За годы работы в качестве агента Леон неустанно старался уничтожить все, что связано с Амбреллой и её наследием. Также он являлся неофициальным членом организации Anti-Umbrella. Более того, за это время он узнаёт, что Ада Вонг жива и работает с Альбертом Вескером (бывшим ученым и сотрудником секретных служб корпорации Амбрелла). В 2002 году до Леона доходит информация о гибели его боевого товарища - Джека Краузера, а еще через 2 года кто-то похищает дочь президента США - Эшли Грэм. Леону поручают разыскать и спасти Эшли. Следуя полученной информации, Леон отправляется в испанскую деревню Пуэбло.
В расследовании этого дела Леону помогает связист Ингрид Ханниген. Прибыв на место, Леон сталкивается с деятельностью таинственного культа, главой которого является Осмунд Саддлер. В своем продвижении по ходу дела Леон знакомится с таинственным испанцем Луисом Серра, который оказывается исследователем (и который к сожалению вскоре умирает), а также встречает старосту деревни - Биттореса Мендеса, от которого спасается с помощью Ады Вонг. Следующая встреча Леона и Мендеса окажется последней для старосты деревни. Расправившись с двумя гигантскими монстрами, Леон находит Эшли в деревенской церкви. Оба узнают от Саддлера о том, что им подселили паразитов "Las Plagas".
Спасаясь от преследования, Леон и Эшли оказываются в замке Рамона Салазара, безумного герцога, попавшего под влияние Las Plagas. Эшли вновь похищают, а Леон сталкивается со своей бывшей возлюбленной Эйдой Вонг. После непродолжительного разговора Ада покидает Леона. Пробиваясь сквозь полчища врагов, Леон и не подозревал, что Ада все время прикрывала его. Убив мутировавшего Салазара, он узнает, что Эшли была увезена на остров недалеко от замка. Вместе с Адой они добираются туда. На месте Леон встречает своего бывшего товарища - Джека Краузера, который пытается его убить. Перед зрелищным поединком на ножах Леон узнает от Краузера что именно он похитил Эшли, а также:
Краузер: Всё это ради Амбреллы.
Исход поединка решает внезапное появление Ады, вставшей на сторону Кеннеди.
А тем временем Las Plagas в теле Леона и Эшли дают о себе знать, причиняя вред организмам носителей. Через некоторое время Леон вступает решающий бой с Краузером. Оказывается, тот не удержался и приобрел "мощь" Las Plagas, что в общем-то не помогло ему избежать смерти. Леон освобождает Эшли. В надежде избавиться от паразитов они находят спасительную лабораторию, о которой ранее упоминалось в записках Луиса. Избавившись от растущих в них Las Plagas, Леон оставляет Эшли в безопасном месте и поднимается на верхнюю площадку базы. Там же он спасает от смерти Аду Вонг, захваченную Саддлером, и вступает с ним в сражение. С помощью ракетной установки он оставляет от своего главного врага только кучу пепла. Внимание Леона привлекает колба с образцом Las Plagas, которую Ада Вонг, угрожая пистолетом, забирает себе, сообщая о скором уничтожении острова и оставляя подарочек в виде ключа с брелком-мишкой. Используя этот ключ, Леон и Эшли сбегают с взрывающегося острова на гидроцикле. Кеннеди отвозит девушку к ее отцу, тем самым выполнив свою миссию.